裸子植物は種子を作るようになった最初の植物である。
種子はシダ植物における大胞子のうと、それを覆う構造から生じたもので、本来は胞子形成を行う葉の裏面にのっていたものである。シダ種子植物ではそのような状態が見られる。しかし、多くの植物は胞子葉を特殊化させ、1つの枝先に集中して花を形成した。そのような中で、種子の元である胚珠は胞子葉の間に保護される傾向がある。被子植物では胞子葉が胚珠を包み込んで雌しべとなり、胚珠が外界から切り離されることで、その傾向がさらにもう１歩進んだと言える。そのような観点で見れば、裸子植物は、植物界の進化に於いて、被子植物への進化の途中段階のものと見なすこともできる。
また、小胞子とそれに由来する雄性前葉体を小胞子の中に閉じこめて雌性胞子葉まで届ける、ということを行うようになった。これが花粉の起源である。
それに伴って、雌性胞子葉は花粉を受け止める役割を持つようになり、多くの裸子植物では雌雄の胞子葉はそれぞれに枝先に集まってまとまった構造を取るようになった。これがもう一つの花の起源である。ただし、裸子植物のそれを花と認めない見方もある。裸子植物においては花粉の媒介はほとんどが風によるもので、花には被子植物に見られるような装飾的な構造が欠如している。
最も初期の裸子植物はシダ種子植物である。古生代後期に出現した。シダ植物のような葉に種子をつけたものである。古生代末に環境が乾燥化するにつれ、イチョウ類・ソテツ類、それにキカデオイデア類が分化し、シダ植物とその地位を交代した。その後に針葉樹が分化し、中生代の地上はこれらの樹木に覆われた。
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